根腐病是三七的重要病害，云南、广东、广西等产区一般发病率为5%-20%，严重时高达60%-70%。种植年限越长，发病越突出，严重影响生产。
根腐病又名鸡屎烂，为害根部，受害根部黑褐色逐渐呈灰白色软腐汁浆状，有腥臭味。多发生在6、7、8月雨季，病株常由侧根先烂，延及主根，或在根状茎头及茎基部出现黄褐色病斑，不断扩大蔓延，致使全部腐烂，病株出现叶色不正常，继而地上部萎蔫，下垂直至全株枯死。剖开病根可见沿维管束组织变黄褐色。后期病根全部呈黑褐色或灰白色稀泥浆状，三七种植户俗称"鸡屎烂"。
病原菌以腐皮镰孢霉根生专化型为主，其次有尖镰孢、串珠镰孢中间变种。病菌主要以菌丝体、厚垣孢子在土壤、病残体上越冬。通过菌土转移(灌溉流水和土壤耕作等)或带病种苗传播;病残体堆制未腐熟的肥料也能传病。病菌通过根部伤口或从根茎(羊肠头)自然裂口侵入。冷害、机械伤、时干时湿和栽苗时伤根以及地下害虫和线虫为害造成的伤口是病菌侵入的最好途径。
如云南产区一种茎线虫为害根部，加重三七根腐病的发生。轮作年限短、土壤粘重、地势低洼、排水不良、耕作粗放及整地不平等因素对三七根茎发育不利，根腐病发生都较重。该病在3月出苗期就有发生，6-9月高温多雨时发病最重，10-12月低温少雨发病率明显下降。
防治措施
一、选排水良好的地块种植，雨季及时排水。
二、选用无病健壮的种子或种苗种植。种植地最好选土壤疏松排水良好的生荒地。
三、及时拔除病株和用生石灰消毒病穴，或用20%噁霉•乙蒜素可湿性粉剂700倍液处理病穴。
四、老病区应采用5年以上的轮作制，可与玉米、*草烟**轮作。一般三七不宜连作；施用腐熟肥料、适时浇灌。施用未充分腐熟的农家肥是造成烂根烂芽的原因之一。因此若是用猪粪等农家肥，一定要堆沤3个月以上，使之充分腐熟，少施用氮素化肥。
五、药剂防治：
发病初期用20%噁霉•乙蒜素可湿性粉剂800倍液滴灌病区。选择健康种苗移栽，并用1：300倍的瑞毒锰锌＋多菌灵进行种苗处理30分钟后带药移栽。加强冬季管理及时清除病残体并消毒处理。防治根腐病的辅助性措施，可采用杀细菌*药性**剂和杀真菌*药性**剂20%噁霉•乙蒜素使用、或可制成药土撒施每亩地500克～800克，防治达90%以上；也可以每亩地500～800克20%噁霉•乙蒜素可湿性粉剂灌根。