批复与批示，既有同，也有异。在机关公文中，批复与批示是一对孪生兄弟，二者都是审批性的文种。即都是对上报的文件加注批语，作出批示，但两者之间也有不同之处，这在实际的运用中是要加以区别的。
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区别主要有如下一些方面。
一、法定性不同。批复是《*党**政机关公文处理工作条例》法规中明确规定的一个主要文种。即法定性文种，而批示则不是。批示是非法定文种，只能说是一种常用文书。
二、审批文件的对象不同。批复是答复下级机关的“请示”而使用的文种，它与请示是一上一下，一来一往的一一对应关系。也就是说有“请示”必须有“批复”。在实际应用中，也有一些上级单位，不同意下级发来的请示事项，而不作出“批复”的情况，只是以电话或口头的形式答复下级，这是不严肃的，也是不规范的。
批示是针对下级报来的工作总结、工作计划、工作方案、工作安排、工作设想、工作纲要、工作报告、情况报告、调查报告，考察报告，检讨报告，分析报告等等，以及各种简报、信息反映等文件就其中的某一成功之处或有关问题所作的批语，对推动下级工作解决问题，具有启迪参考、借鉴、警示与指导的作用。
三、行文的方式不同。批复的主送机关是行文请示的单位。上级机关如果认为其批复具有普遍意义，可以将批复抄送其他下级机关一并周知。而批示则不同，如认为具有普遍意义，上报文件的单位与其他下级单位一并列为主送，不存在着主送、抄送之分。
四、分类及对应性的要求不同。批复最基本分三类：
第一类核准性批复。主要用于审批应由上级机关批准的具体问题，完成某一事项法定的必须经过的审核程序，如果不经过这个程序，就不合法、不合规。例如，《国务院关于同意设立XX市高新技术开发区设立海关的批复》，就是一个必经的审批程序。
第二类是指示性的批复。即在审批某一问题时，并就此提出相应的一系列相关指示，要求下级机关照此执行。此类批复，一般篇幅比较长。
第三类答复性批复。 就法规、政策等方面的事项作出批复性的回答。这些均有对应的用语及格式要求。
而批示则没有批复那样复杂和比较严格的分类和格式要求。它的内容一般比较简单一。基本都是指示性的。比如推广某单位所总结的先进工作经验，介绍某个地方工作中发生的重大问题，要求从中学到经验，接受教训，改进工作，指导工作，指明努力的方向等等。实际用语、格式较为灵活。
五、发文的机关或法定人往往有不同。批复的发文机关必须是法人，即法定组织！一般不能是XX组织、XX单位的领导！历史上或早些年这种情况实际存在的，但确是不规范的、不严肃的。现在已基本不存在这种情况。而批示，则既可以是一种组织做出的行文，也可以是这个组织中，法定代表人、主要领导，甚至有关领导作出的行文。这是必须加以区别的。
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