某EPC项目违约金计算合同中约定为“未按根据协议第17条约定的时间和应付金额支付乙方工程回购款，则按建安工程造价的千分之一每天向乙方支付违约金。”合同第17条约定的计量周期为每月一次，付款周期为三次回购，这种情况下违约金计算原则是什么？是按月计算还是按三次计算？
而在后期签订了补充协议更改了支付条款，由三次改为按月进度付款是否将项目由EPC性质更改为了普通的建筑施工合同？会影响我的违约条款吗？
如果按月进度计取的违约金太高，一般法院会如何判定违约金？期间未报月进度款是否视为自动放弃违约金追偿？
关于计量周期和付款。首先我们需要清楚工程总承包的计量原则是怎样的？工程总承包有很多种不同的计价模式，在计价计量规范和工程总承包示范文本当中所推行的计价模式都是总价合同。但是总价合同一般是不需要进行计量的，其唯独需要进行单独计量的是一些合同约定的按实计量的部分。《建设项目工程总承包合同（示范文本）》第14.1.3条：“合同约定工程的某部分按照实际完成的工程量进行支付的，应按照专用合同条件的约定进行计量和估价，并据此调整合同价格。”按照示范文本的逻辑，没有特殊约定的部分都不进行计量，唯独双方当事人特别约定按实计量的部分才需要计量。具体就按照施工总承包中的计量规则。
关于计量周期的问题。若没有计量周期，在履约过程当中如何去支付进度款呢？《建设项目工程总承包合同（示范文本）》中规定了一种和大家平时做法不太相同的规则——付款计划表。第14.4.2条关于付款计划表的编制与审批中规定：“除专用合同条件另有约定外，承包人应根据第8.4款[项目进度计划]约定的项目进度计划、签约合同价和工程量等因素对总价合同进行分解，确定付款期数、计划每期达到的主要形象进度和（或）完成的主要计划工程量（含设计、采购、施工、竣工试验和竣工后试验等）等目标任务，编制付款计划表。”所以工程总承包的付款计划表基本上是基于进度和目标完成情况来编制的。
在付款计划表当中有一个是比较特殊的就是人工费：“（1）人工费应按月确定付款期和付款计划。承包人应当在收到工程师和发包人批准的项目进度计划后7天内，将付款计划表及编制付款计划表的支持性资料报送工程师。”所以承包人是具有编制付款计划表的合同义务的，但是人工费是不跟着形象进度走的。人工费的支付是例如每个月28日确定好，下个月5日支付的特殊约定。
当然付款计划表绝对不能依据承包人的单方的意思表示而发生法律效力。“（2）工程师应在收到付款计划表后7天内完成审核并报送发包人。发包人应在收到经工程师审核的付款计划表后7天内完成审批，经发包人批准的付款计划表为有约束力的付款计划表。”此时双方当事人之间产生了一个付款义务，如果不履行该义务就会产生相应的违约责任。该付款义务就来源于履约过程中的付款计划表。性质上并不是来源于合同的直接约定，而是来源于合同履行过程当中形成的一个成果性、过程性文件。
“（3）发包人逾期未完成付款计划表审批的，也未及时要求承包人进行修正和提供补充资料的，则承包人提交的付款计划表视为已经获得发包人批准。此时存在一个法律拟制的后果，即恶意的阻止条件成就视为条件已成就的法律规则。所以虽然付款计划表没有得到发包人的批准，但仍视为已经得到批准，即明知不同而做相同处理。
基于此可见工程总承包当中的付款计划是有特殊的规则的，是按照付款计划表来进行支付的，但是人工费和双方当事人特别约定按实计量的部分可以每月支付一次。承包人应当在每月的月末向工程师提交进度付款的申请单。但并不意味着承包人原合同中所约定的付款计划的相关目标里程碑和节点有所改变，承包人每月仍需向甲方申请，但是这样一个付款申请到底能不能实现，那就要基于付款进度计划当中所设定的合同义务是否实现。
《建设项目工程总承包合同（示范文本）》14.3.1 进度付款申请单应包括下列内容：
1）截至本次付款周期内已完成工作对应的金额；
2）扣除依据本款第（1）目约定中已扣除的人工费金额；
3）根据第13条[变更与调整]应增加和扣减的变更金额；
4）根据第14.2款[预付款]约定应支付的预付款和扣减的返还预付款；
5）根据第14.6.2项[质量保证金的预留]约定应预留的质量保证金金额；
6）根据第19条[索赔]应增加和扣减的索赔金额；
7）对已签发的进度款支付证书中出现错误的修正，应在本次进度付款中支付或扣除的金额；
8）根据合同约定应增加和扣减的其他金额。
如果发包人没有按照承包人的付款申请进行付款，需要承担相应的违约责任。根据《建设项目工程总承包合同（示范文本）》第14.3.2条规定了进度付款审核和支付“除专用合同条件另有约定外，发包人应在进度款支付证书签发后14天内完成支付，发包人逾期支付进度款的，按照*款贷**市场报价利率（LPR）支付利息；逾期支付超过56天的，按照*款贷**市场报价利率（LPR）的两倍支付利息。”
所以如果站在发包人的角度上尽量减少工程款的利息的承担，可以在专用条款当中将56天的逾期支付期间删掉或约定即使超过56天只承担一倍利息。若当事人未在专用条款*特中**别约定，双倍支付利息的通用条款对当事人是具有约束力的。
现在原合同约定的计量周期是每月一次，付款周期是分为三次回购。也就是说按照目标计划，达到一定目标形象进度才需要付款，总共是三次支付，但现在双方当事人另外签了一个补充协议，把付款周期改变为按照月来支付的约定是否有效？该约定当然是有效的。根据《中华人民共和国民法典》第五百四十三条：“当事人协商一致，可以变更合同。因为民法典规定说当事人经过协商一致可以变更合同。”所以双方当事人另行约定的进度款支付条款是有效的。此时合同的性质仍为EPC合同，区分EPC和普通建筑施工合同主要是发包的范围和发放的对象不同。E是设计、P是采购、C是建造。其合同性质不会因为付款条件的改变而改变。
关于违约金条款的效力。根据《民法典》对合同变更的规定，变更之后的违约金条款当然也是有效的。如果月进度计取的违约金太高，按照经验来讲，如果合同中约定的是两倍利息的违约金，那么法院一般是支持的。
如果期末未报月进度是否视为自动放弃的违约金的追偿？
付款条件的成就是基于承包人向发包人进行申报，如果承包人没有申报，那么发包人也就不用承担支付进度款的义务，无义务即无责任。此时可以说是视为自动放弃违约金，也可以认为没有合同义务。若支持承包人在履约过程中每月不报进度款，等到诉讼过程中却要求重新计算工程造价，并推回每一期应当支付的金额进行累加计算工程的进度款的违约金，这显然是一种不诚信的行为。所以当承包人没有按照合同约定履行自己的报送义务时，任何人不能因为自己的违约行为而获益，发包人就不产生支付合同进度款的义务。