教宗若望·保禄二世在《利玛窦到北京四百周年国际学术研讨会致词》中对利玛窦的评价可以代表天主教会的观点：“利玛窦神父最大的贡献是在‘文化交融’的领域上。他以中文精编了一套天主教神学和礼仪术语，使中国人得以认识耶稣基督，让福音喜讯与教会能在中国文化里降生。由于利玛窦神父如此道地的‘做中国人中间的中国人’，使他成为大‘汉学家’，这是以文化和精神上最深邃的意义来说的，因为他在自己身上把司铎与学者，天主教徒与东方学家，意大利人和中国人的身份，令人惊叹地融合在一起。”
美国《生活》杂志将利玛窦评为公元第二千年内(1000年—1999年)最有影响力的百名人物之一。
1610 年5月11日，利玛窦因病卒于北京，终年59岁。
按照当时惯例，西方传教士死后本应移葬澳门，但在内阁首辅叶向高等人的斡旋下，万历皇帝破例准许利玛窦葬于北京西郊的藤公栅栏，使其成为首位葬于北京的西方传教士。
利玛窦墓现位于北京西城区官园桥附近的北京行政学院院内。汤若望墓、南怀仁墓位于左右两侧。1984年修复后共保留有63名传教士的墓碑。利玛窦和其他传教士墓地被列为国家重点*物文**保护单位。