治疗尖锐湿疣的方法很多，但一般的物理治疗方式复发率很高，多数患者需要长时间、多次治疗才可达理想目标。
物理治疗包括激光、冷冻、电灼、微波等，巨大疣体可手术切除。光动力治疗适合于疣体较多者、尿道口尖锐湿疣以及釆用物理治疗或外用药物去除疣体后预防复发治疗。外用药物可选择5%咪喹莫特乳膏、0.5%鬼臼毒素酊、5%5-氟尿嘧啶膏，但注意局部会出现红肿、疼痛等不良反应，这时候需要及时停药。
尖锐湿疣有效治疗方式
在尖锐湿疣最便宜的物理手术治疗中，那就是冷冻，一般冷冻后，水疱可能破溃,适当外用一些药物主要是预防局部感染。
最贵的就是光动力治疗，但贵的也不一定好，光动力就是激光的升级版而已，外用涂抹艾拉也称光敏剂或者盐酸氨基酮戊酸，是一种酸性制剂，主要起到的作用是腐蚀，在腐蚀疣体的同时也腐蚀正常的皮肤。局部通过照光促进皮下渗透和吸收。治疗痛苦比较大，同样会复发。
最后就是中药治疗，中医认为，尖锐湿疣发作是因湿热邪毒外侵肝经、湿热内蕴所致的。可以通过中药“内服+泡洗”方式结合，循序渐进地“去疣清毒”才是治疗尖锐湿疣的根本办法。以2011101665723号国家发明专利中医组方为典型代表，不仅治疗过程没有任何痛苦，还能将疣体与病毒彻底清除，达到治愈不复发目的。
不同的方法治疗的周期不一样,其治疗效果也不一样,根据患者情况来选择。