注射乙肝疫苗后，机体可产生乙肝表面抗体，而目前乙肝疫苗接种采用的是0，1，6月的接种方案，90%以上的接种者可产生保护性抗体，然而仍有5%- 10%接种者不产生抗体或产生抗体滴度水平低，达不到保护阈值，这部分人仍是易感者。
那乙型肝炎疫苗免疫失败的原因是什么呢？其原因有以下几点：
1、疫苗因素
疫苗的种类和质量、接种的部位和途径、接种的程序和剂量等因素直接影响接种的效果。
2、机体因素 一般因素
吸烟和饮酒可能损害机体的免疫功能，随着年龄的增长，机体的免疫功能衰退和应答能力降低，因而有吸烟、饮酒嗜好及年长者接种乙型肝炎疫苗后产生抗-HBs的能力较无此嗜好和年幼者弱。
体重指数、精神压力及接受免疫抑制治疗等因素也会影响机体对炎疫苗免疫的应答。若伴有其他慢性疾病如糖尿病、慢性肾动能不全、慢性HCV、HIV感染，接种后无（低）应答的机率将大大增加。
遗传学因素
多数学者认为，HBsAg携带者呈家庭聚集性，并可能是常染色体隐性遗传。
接种乙型肝炎疫苗后无（低）应答的发生与HLA分型及位点有关。HLA-DR3+或HLA-DR7+表现型的个体，乙型肝炎疫苗接种后出现低应答的机率较高。
3、乙型肝炎病毒变异
若与乙型肝炎疫苗诱导抗-HBs有关的抗原决定簇a发生变异，抗体与变异株HBsAg的结合力下降，可导致乙型肝炎疫苗免疫保护失败。
4、乙型肝炎疫苗无（低）应答细胞学基础
研究发现，对乙型肝炎疫苗免疫应答良好者，其外周血单个核细胞对重组HBsAg的刺激增生活跃：而对乙型旰炎疫苗无(低）应答者，则无明显增生反应。
进一步分析表明，对HBsAg刺激无反应的细胞学基础是HBsAg特异性Thl类细胞存在缺陷，即缺乏Thl类细胞或此类细胞虽存在但对HBsAg肽一MHC复合物无应答（如免疫无能或免疫耐受）。
5、宫内感染HBV
宫内感染HBV是新生儿接种疫苗失败的重要原因。其可能机制是胎儿期接触HBV抗原出现对HBV免疫耐受。
T细胞耐受导致胞免疫功能低下，对HBsAg特异刺激，IL-2分泌和IL-2受体表达不足。
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