灸法的起源可追溯到距今8000至4000年前的新石器时代，相当于原始社会的氏族公社时期。灸法的应用是在人类发明用火之后开始的。古人取火最初是利用自然火种，而后是摩擦取火和燧石取火，再后是利用太阳能取火。近*考代**古学研究证明，我国早在距今约170万年的“元谋人”时代，我们的祖先就会用火了。早期只有钻木取火的“木燧”，后来则有照日取火的“阳燧”。阳燧聚光取火，是世界上最早的太阳能利用。《周礼·疏》载：“以其日者太阳之精，取火于日，故名阳燧，取火于木，为木燧者也。”在距今3000年前，当世界上许多民族还在钻木、摩擦或击石取火的西周时代，勤劳智慧的华夏民族已经发明了利用太阳能取火的技术，为人类的文明做出了卓越的贡献。灸，《说文解字》释为“灼也”，即是以火熏灼之意。灸的发明与寒冷的生活环境及火的应用有密切联系。灸法所用的材料，最初很可能是可烧灼、烫、熨的各种树枝或干草，后来才发现用艾叶做成的艾绒易于引火缓燃而不起火焰，更适用于灸，遂使艾灸世代相传，沿用至今。艾是灸材，也是古人引火的燃料。崔豹《古今注·杂注》载：“阳燧以铜为之，形如镜，照物则影倒现，向日则生火，以艾炷之则得火。”燧，或作遂，有通达、通畅之意。古人以为，阳燧与天相通，可引天之精气，故以太阳之火为艾灸火源之上选。太阳天火在古代象征纯阳之气，通过阳燧这等通天器物，汲取太阳之气点燃艾草以熏灼，既可用来驱逐鬼邪，又可用以温通血脉，治疗疾病。古人晴时阳燧取火，阴时木燧取火。木燧取火时，也以艾引火燃烧，让钻磨产生的火星掉在艾绒上引燃。
针刺疗法的起源也可追溯到原始社会的氏族公社时期。晋代皇甫谧《帝王世纪》有伏羲“尝味百草而制九针”的记载，南宋罗泌《路史》也有“伏羲尝草制砭，以治民疾”的载述。在内蒙古多伦县的新石器时代遗址中及山东日照市的新石器时代墓葬里发现的砭石实物，为针刺起源于新石器时代之说提供了证据。早在石器时代，先民们就将不同形状的石块磨制成各种医用器具，尖锐的用来刺血、排脓，刀形的用来切割，棒形、圆形的用于按摩和热熨。其中尖锐者最为常用，故《说文解字》说“砭，以石刺病也”，《山海经·东山经》则称之为箴石：“高氏之山，其上多玉，其下多箴石。”《山海经》的这一记载还表明针石起源于我国东部地区。《素问·异法方宜论》也说：“东方之域……其病皆为痈疡，其治宜砭石。故砭石者，亦从东方来。”砭针是针具的雏形和前身，其后还出现了骨针和竹针。人类进入青铜器时代和铁器时代时，随着冶金技术的发展，铜质、铁质的金属针便开始出现，之后又有金质、银质针的应用。