胃肠道微生态包括了胃肠道的微生境或微环境、微生物组群和胃肠道中各种代谢物等。胃肠道微生态有许多重要的功能，如防御感染、维护肠屏障、免疫、代谢和营养等必要的生理功能。而人体的肠道为微生物组群包括正常菌群的生存和繁殖提供了场所和营养，并且不对它们引起强烈的免疫反应（免疫耐受），从而能共生共存。
当我们关注心脏、肝脏、肾脏、大脑等器官的健康时，往往忽略了一个重要器官——肠道微生物群，它对我们全身多个器官的健康都发挥着重大影响，与我们最大的器官肝脏比肩，其功能与我们的大脑同等的重要（所以有人把它称为人的第二大脑）。
当前，大多数人都已经意识到拥有健康的肠道对健康的重要性，而肠道的健康取决于健康的肠道菌群。
根据凯西亚当斯博士的研究，一个健康的人体有超过3.5磅的微生物群体，而我们的心重量只有0.7磅，大脑的重量约3磅，肝脏的重量约4磅。微生物，是我们身体最大的器官之一。
而最大数量的微生物住在结肠，大约由1014个细菌组成，是人体内所有细胞总数的10倍。从出生到死亡，人体是一个由正常微生物群和人体细胞共同组成的超级生物体，因此胃肠道菌群又被称作“被遗忘的器官”。
其他数十亿的微生物住在口腔、鼻腔、食道、牙龈的周围，在我们胸膜腔的口袋（肺的周围）。它们住在我们的胃、肠道、阴道、直肠周围。在关节、腋窝下、在脚趾甲、脚趾间、尿路、尿路内和许多其他地方！
在过去，阑尾被认为是无用的。2007年，兰德尔等人在杜克大学进行的研究发现，在人体被病原体攻击下，阑尾会释放益生菌，用以对付特定类型的入侵者。
肠道菌群被誉为人类的“第二基因组”，是驱动出生后免疫系统发育成熟和诱导免疫反应平衡的基本（原始）因素。全身70%~80%的免疫细胞分布在肠道相关淋巴组织中，人体众多细胞的调节、扩增都需要肠道菌群的参与。
对抗致病菌入侵：研究表明，肠道菌群能防御感染、增强肠道屏障功能，对外来致病菌及条件致病菌的入侵具有较强的生物拮抗作用；
可合成维生素并促进营养素吸收；
刺激免疫反应：肠道菌群所生成的氨、硫化氢、胺、毒素等代谢产物是有害的，却可促使机体完善免疫机制以将其清除，刺激宿主免疫器官及其功能的发育。肠道菌群可刺激 T细胞、巨噬细胞，还能激活细胞因子和吞噬细胞来协调免疫反应。
强大的内分泌功能：目前已知肠道细菌可以分泌上千种分子，包括次级胆酸、三甲胺，儿茶酚胺、短链脂肪酸，神经递质类分子如多巴胺、去甲肾上腺素等，可以把它当作人体最大的内分泌器官；这些小分子信号物质进入血流再作用于远处的其他细胞来发挥作用，可以全方位地影响人体健康。
人体的发育始终是处于自然界微生物环境的压力下进行的，从而形成了人菌共生体。正常微生物群与宿主的共生关系是经过亿万年互为环境、同步进化的结果，两者处于平衡，维持机体的健康；两者失衡，即为病理状态，导致疾病的发生。
肠道菌群借助免疫、内分泌作用和多个脏器发生联系。这种相互影响的要素被形象地称为“对话”，核心是肠道微生物与脏器间的相互作用，两者之间相互影响、相互调节的双向信息交流网络关系常被描述为各式各样的“轴”：目前研究较多的是“肠-肝”、“肠-脑轴”、“肠-肺轴”及“肠-肾轴”等，它们不仅体现生理上和病理上的相互关联，也丰富了相关疾病的发病机制和治疗措施。
什么是“轴”，肠道菌群与其他器官怎样通过“轴”对话、相互影响，我们以后再逐一分析介绍。
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