1.尿道瘘：尿道瘘是尿道下裂修复术最常见的并发症之一。可能与手术损伤有关，如术中止血不彻底，缝合、结扎线头过多过紧，另外覆盖新尿道的皮瓣太薄、缝合张力过大、切口感染等也是尿道瘘发生的原因。瘘孔较小且远端尿道无狭窄者，一般可自行愈合；较大的瘘孔则需手术修补；多发性较大瘘孔，则需切除整个重建尿道再次手术修复。
2.尿道狭窄：尿道狭窄可于术后早期发生，亦可能是晚期并发症。术后的局部水肿、炎症是术后早期发生尿道狭窄的常见原因；手术操作失误，未彻底切除狭窄段也会产生排尿困难。在排除炎症与水肿后，轻度狭窄经定期尿道张，多能保持排尿通畅，严重狭窄或经扩张失败者，须行修补术。
3.皮肤坏死及裂开：皮肤坏死一般和感染、皮肤缝合过紧边缘缺血坏死有关，以及手术后敷料包扎过紧也可影响血运，导致皮肤坏死。阴茎皮瓣重建尿道法、埋藏皮条法，阴茎背部的减张切口长度不足，是伤口裂开的重要原因。形成的尿道完全坏死者，宜行尿流改道，二期进行尿道重建术。部分皮肤坏死，经非手术处理，根据成形的尿道功能状态，做相应处理。
4.阴茎弯曲畸形矫正不全：可能是由于手术中切除尿道纤维带不彻底，无弹力的皮肤未曾切除，尿道外口未加游离，并发血肿、感染等原因引起。手术应确定阴茎弯曲是否已完全纠正，且手术时勿将白膜切除，否则可并发很难纠正的阴茎弯曲。
5.尿道憩室：成形重建的尿道与原尿道口缝合处有尿外渗，或周围血肿、感染未能及时充分引流，周围组织机化可成为憩室壁。术中应止血彻底，严格无菌操作，各种管状尿道成形时皮瓣宽度要均匀，形成尿道的直径一致，避免局限性直径过宽。另外，保持排尿通畅，避免尿道狭窄，亦可减少或避免尿道憩室的发生。
