1、流感样征候群：表现为发热、寒战、头痛、肌肉酸痛和乏力等，可在睡前注射IFN—a，或在注射干扰素同时服用解热镇痛药，以减轻流感样症状。随疗程进展，此类症状可逐渐减轻或消失。
2、一过性骨髓抑制：主要表现为外周血白细胞(中性粒细胞)和血小板减少。如中性粒细胞绝对计数≤1.0x 10的9次方，而小板<50x 10的9次方/L，应降低IFNa剂量；1~2周后复查，如恢复，则逐渐增加至原量。如中性粒细胞绝对计数≤0.75x 10的9次方/L，血小板<30x10的9次方/L，则应停药。对中性粒细胞明显降低者，可试用粒细胞集落刺激因子(G-CSF )或粒细胞巨噬细胞集落刺激因子(GM-CSF)治疗。
3、精神异常：可表现为抑郁、妄想症、重度焦虑等精神病症状。因此，使用干扰素前应评估患者的精神状况，治疗过程中也应密切观察。抗抑郁药可缓解此类不良反应，但对症状严重者，应及时停用IFNa。
4、干扰素可诱导产生自身抗体和自身免疫性疾病：包括抗甲状腺抗体、抗核抗体和抗胰岛素抗体。多数情况下无明显临床表现，部分患者可出现甲状腺疾病(甲状腺功能减退或亢进)、糖尿病、血小板减少、银屑病、白斑、类风湿性关节炎和系统性红斑狼疮样综合征等，严重者应停药。
5、其他：少见的不良反应包括肾脏损害(间质性肾炎、肾病综合征和急性肾衰竭等)、心血管并发症(心律失常、缺血性心脏病和心肌病等)、视网膜病变、听力下降和间质性肺炎等，发生上述反应时，应停止干扰素治疗。
早期不良反应用药一周内几乎所有患者都会出现流感样表现，如发烧、畏寒、身痛、头痛、出汗、恶心、呕吐等。症状较轻时可不予治疗，只须适当多喝些开水、卧床休息，一般10日左右症状便可消失。症状重者则须服用些解热镇痛药，如阿司匹林、消炎痛等。
中期不良反应用药1个月后有的病人会出现消化道症状、皮肤“过敏样”症状成精神症状，如食欲不振、嗳气、恶心、呕吐、注意力不集中，眩晕、判断力障碍、嗜睡或失眠，甚至产生悲观厌世等精神症状。如果患者原有抑郁、狂躁病史，则可能会使原发病加重或复发。一般消化道反应较轻者，经2~4周可自行缓解，重者则宜服用促消化药。皮肤过敏反应一般一周左右可自行消退，不需特殊处理，但应注意避免刺激皮肤。失眠较重者可服用弱镇静剂，精神症状较重时则应立即减药，或停用干扰素。
部分惠者在用药两个月后可出现脱发，大剂量用药时可提前发生，小剂量时可于3个月后发生，女性较男性更明显。此外还可导致一过性蛋白尿及白细胞和血小板数量下降等骨髓抑制现象，个别患者原有的糖尿病。心脏病可能加重。
虽然干扰素的不良反应在停药后可以逆转，不良反应的轻重每个人并不一样，也不一定都会发生，但作开方用药的医生，在使用干扰素前一定要给病人讲明利弊，定期随访和及时给予必要处理。