共工为了报复父亲和炎帝，逃入魔界，挑拨魔神蚩尤发动了针对人族的战争，但最终因为宇外天界的干预而失败。
此次失败后，蚩尤放弃了，而共工并没有放弃，他把目光投向了幽冥界，找到了幽冥界的老大——冥主幽屠，并成功地说服了冥主帮助他对抗人族。
共工带着冥主幽屠借给他的四大长老魑魅魍魉以及一双护法神荼和郁垒再次找到蚩尤，逼迫蚩尤再次下定决心与人族决战。
看到阵容再次强大起来的蚩尤最终同意了共工的意见。
这一次，魔族几乎精英尽出，从三个地点对人族发动了攻击。
被魔改的刑天带领魔族精英进攻逐鹿，杀的天昏地暗，黄帝派应龙应战。
上古巨苗族首领夸父带领巨苗族精英进攻冀州，几乎成碾压之势，黄帝派青龙白虎应战。
而幽冥的精英们在神荼和郁垒的带领下，直奔炎帝大本营。
炎帝派祝融应战，可是人族的实力在幽冥面前微不足道，节节败退。
为了保人族炎帝一脉不灭，黄帝在艰难的环境下分兵支援炎帝，而带领这支部队的就是后卿。
后卿是黄帝手下一员颇受重用的大将，曾为黄帝立下汗马功劳。
此战，后卿也是竭尽所能，拼杀到最后一刻，力竭战死。
由于黄帝的支援，炎帝一脉终于顶住了巨大的压力，渐渐组织起了有力的*攻反**。
看到希望的炎帝不顾一切的*攻反**幽冥，忘记了为战死的将士收尸，其中就包括后卿。
后卿
由于幽冥的限制，后卿的魂魄无法顺利进入幽冥界，再加上看到自己被暴尸荒野，气怒之下，后卿的魂魄找到了魔族的科学家犼，接受了犼的魔升试验，成为了史上最早的尸魔，并作为魔族疯狂地进攻人族。
本来人族的实力就不及魔族，此次更是异常被动。
宇外看到如此情况的玄天玉女倍感担心，于是向天帝请命，再次下凡帮助人族度过劫难。
由于第一次下凡就动了凡心，天帝内心已经不满，只是甚是疼爱这个女儿，所以没有再加追究，此次玄天玉女再次请求下凡，天帝自然不会允诺。而且此次大战早有定数，无人可改。
玄天玉女得不到天帝的应允也绝不善罢甘休，居然*取盗**了天帝的天剑和山河社稷图自己回归宇内，预助心爱的黄帝一臂之力。
玄天玉女刚离开宇外，天帝就发现了。
震怒之下，天帝将玄天玉女化为了干旱之神女魃，只要她在的地方，就会大干旱，滴雨不见。
见到黄帝的女魃尽力的表达爱慕之意和相助之请，可是黄帝作为人族最大血脉的领导者，怎能因为儿女私情而害了自己的同族呢？
为了证明自己，女魃来到冀州，迎战夸父，可惜不是对手。
女魃腾身上天，化为烈日。
夸父性格执着，非要追上女魃不可，一路奔袭整个神州，最终被烤干了全身水分而死。
冀州战线上的魔族也因此土崩瓦解了。
夸父
另一方面，已与应龙血拼了数十日夜的刑天，被黄帝偷袭，用天帝剑斩掉了头颅。
刑天非但未死，反而化乳为目，化脐为口，越战越勇。
就在黄帝和应龙逐渐不支之时，女魃出现在了战场上，对刑天一通耳语，刑天居然就此倒地身死，至今无人知道女魃到底说了什么。
刑天死后，逐鹿战线上，魔族也失败了。
刑天
按理说，女魃立下诸多大功，功不可没。
可是黄帝还是顾忌人族的存亡，不愿接受女魃，将她封印在了山河社稷图中，永世不得出图。
女魃伤心欲绝，但是对黄帝的爱意丝毫未减，心甘情愿进入山河社稷图中。
临行前，女魃留给黄帝一张图纸，告诉黄帝，未来会大有作用。
知道双线已败的蚩尤再次打起了退堂鼓，可是共工不服气，亲自带着风伯飞廉、雨师屏翳来到逐鹿，制造了迷雾，阻止黄帝的部队撤退，并欲趁机杀死黄帝。
就在黄帝焦头烂额之时，想起了女魃留给自己的图纸。
黄帝依照图纸制造出了指南车，顺利走出了迷雾。
气急败坏的共工再次追上黄帝，欲与黄帝同归于尽。
此时，后卿与幽冥部队也已杀到，黄帝陷入了最大的危机之中。
危在旦夕之时，早已飞升宇外的女娲大神重回寰宇，将共工与后卿消灭，并判罚二魔永世不得轮回。
后卿临被消灭时依然气愤难平，诅咒含冤而死之人，都会化作僵尸复生。
为保人族后世太平，女娲将神荼和郁垒化为门神，保人族太平。
门神
为了防止女魃报复人族，女娲将飞廉和屏翳化为山海界守护，封印入山河社稷图中看管女魃。
让女娲没想到的是，飞廉和屏翳刚进入山河社稷图就被女魃消灭了，不是因为女魃想越狱，而是女魃嫉妒他们的美貌。
女娲摇头无奈，只得再立规矩，令女魃在山河社稷图中长眠，每六十四年才能醒来七天。
人魔的第二次大战就此结束了。