肾穿刺术具有一一定的危险性,但是如果操作者能严格掌握其适应证及操作方法,并且有效教育患者,使其严格按医生、护士的要求进行配合,则并发症的发生率较低。
患者在穿刺前应消除顾虑，积极配合,练习憋气，在床上解大小便，保持稳定的情绪。术中应当严格按医生、护土的要求配合，术后应严格卧床休息24小时,应当平卧、不活动、多饮水,对24小时后仍有肉眼血尿者应当继续卧床休息3天。在1周内应少活动.3个月内不剧烈活动和进行体力劳动。
实际上随着定位方法及穿刺针的不断改进.肾穿刺的成功率已显著提高。1980 年以后,其成功率多数达93% ~ 100%。如果操作正规和熟练,为一种比较安全的手术。但经皮穿刺也是一种有创伤性检查，可发生以创伤出血为主的多种并发症,常见的并发症有:
(1)疼痛:多数在肾穿刺部位有轻微钝痛,多在3~5天内消失,偶尔血块堵塞输尿管引起肾绞痛或堵塞尿道导致急性膀胱尿潴留，予解痉、多饮水,促进血块排出。无效时,可逆行输尿管插管冲洗尿路等。
(2)感染:肾穿后感染发生率并不高,在0.02%~0.2%，应予预防。除严格无菌操作外,活动性肾盂肾炎应严禁穿刺。
(3)动静脉瘘:发生率为10%，常无症状,95%以上者在3~ 30个月内自行愈合，个别需手术。
(4)肾周血肿:肾穿刺后发生肾周血肿十分普遍,CT检查证实其发生率达48%~85%,多为小血肿，无临床症状,在1~2周内可自行吸收。形成较大血肿时，患者可出现腰痛或腹痛、恶心、腹胀、体检腹部有压痛,甚至触及肿块,严重时可导致血色素下降，只要补充血容量，很少发生休克。血肿初期可有吸收热，B超检查有重要意义,大血肿形成后，应用抗生素预防感染，只要不继发感染，血肿多能在保守治疗后3个月内完全吸收，旦感染,则需切开引流。
(5)血尿:镜下血尿几乎每例患者均有，一般常在1~2天内自行消失，多数情况下不必视为并发症。肉眼血尿发生率为2%~9%，多在5%以下,常于1~3天转为镜下血尿，少数(约0.5%)可持续2~3周绝大多数肉眼血尿无脉搏.血压、血色素的变化，无需输血，仅延长卧床即可。个别病例血尿严重，频繁排出较大血块血压下降意味着肾脏严重损伤，破损的较大血管已与肾盂沟通,应及时输血、补液.防治休克，必要时考虑外科手术结扎乃至全肾切除。
(6)其他少见的并发症:如肾盏瘘及肾破裂、误穿其他脏器等。这种并发症在以往容易发生，比如南方某大医院就曾经出现肾穿刺结果报告为“发现一堆肝组织”的失误 ,但目前,由于定位方法改进这类误穿已极少发生。
总的来说，经皮肾穿刺的死亡率为0~0.1%，因并发症需外科手术者占0.1%~0.4%，肾切除为0. 02%~0.06%。由于肾穿刺是一项有创性检查，可发生多种并发症，因此行肾穿刺的患者均需住院。且禁忌同时穿双肾,也不许进针次数过多,最多2~3次。