顾宪成少时家境贫困，6岁进私塾读书，聪明刻苦，以颜回自喻，抱负远大。1580年，顾宪成会试获二甲第二名，赐进士出身，授职户部广东司主事，开始仕宦生涯。
1582年，时任内阁首辅、权倾朝野的张居正病重，其他官员为了讨好他，联名出钱为他祈福，顾宪成看不惯这种迎合顺从、巴结权贵的举动，拒绝参加。同僚担心他日后因此遭到打击，便好心代他签名出钱，顾宪成得知后立即将自己的名字删去。是年底，张居正去世，顾宪成没有因此事影响仕途，反而获得赞誉。1586年，因直言万历帝立郑妃为皇贵妃一事，顾宪成被削进士籍，返归故里。他后来又辗转各地为官，颇有政绩。因公正廉明，勤勉政事，他在三年一次的对官员的察举中被评为公廉第一。
1594年，因荐举直言敢谏之人，顾宪成被革职还乡。还乡后，他致力于研究学问和讲学。同时，他也没有放弃自己为国为民的抱负，他认为讲学可以传授知识，扶持正论，为国家培养人才，于是，他便把精力集中到讲学上
1597年，顾宪成在家中辟"同人堂"，教习士子，并约集常熟、苏州、松江、宜兴等地学者至无锡讲学，从正统理学宗旨出发，逐渐形成一个学派，后称"东林学派"。
由于顾宪成在学界、政界都有很高的声望，所以慕名前来请教他的人很多，他不顾精力有限，对求学者不论贫富贵贱，一视同仁，热情接待。他还和兄弟商量，在自己住宅边上造了几十间书舍供求学者居住。
顾宪成还经常到苏州、常州、宜兴等地讲学，经常与吴中学者聚会于无锡惠山天下第二泉畔研讨学术。1604年，顾宪成和弟弟顾允成共同筹资1200多两银子，在无锡城东门内的东林书院遗址（原宋朝学者杨时讲道之处）重建东林书院。顾宪成会同顾允成、高攀龙、安希范、刘元珍、钱一本、薛敷教、叶茂才（时称"东林八君子"）等人开始在东林书院讲学。
顾宪成撰写著名楹联"风声雨声读书声声声入耳，家事国事天下事事事关心"，鼓励学者经世致用、锐意进取。各地学者闻风响应，云集东林。他们除讲解儒经、切磋义理外，还讽议朝政，裁量人物，指斥时弊，震动朝野各界。当时，参加东林讲学活动的人被称为"东林*党**人"。
明神宗朱翊钧统治后期，宦官擅权，倒行逆施，政治日益腐败，社会矛盾激化。顾宪成对朝局的腐败十分痛心，但他鼓励东林官员不管时局多么艰难，一定要坚守职责，直言敢谏，精诚谋国。
1596年，神宗派出太监充任矿税监，榨取钱财，民不聊生。旧派官员因忌惮东林*党**势力扩大，捏造借口打击排挤朝中正人，将朝廷纷争的全部责任推到东林*党**官员头上。东林*党**遭受重创，被指控为"讲学东林，遥执朝政"的顾宪成处境艰危，东林书院与会人员锐减，讲学之事日益衰颓。