“奎文阁” ，也称为孔庙的第六道大门。过同文门就是 孔庙三大主体建筑之一 的奎文阁。它始建于宋天禧二年（1018年），原名藏书楼，是收集帝王所赐的书籍和字画之处。以藏书丰富建筑独特而驰名中外。金昌宗在明昌二年（1191年）重修时改名“奎文阁”。“奎文阁”三字为乾隆皇帝重新题匾。“奎”为星名，是二十八星宿之一，为西方白虎之首，奎文阁之名即比喻孔子是天上的奎星。此楼建筑非常精巧，为金木结构，整个建筑没用一根铁钉，但它结构非常合理，异常坚固，自明弘治十七年重修以来，已经经受了几百年风风雨雨的侵袭和多次地震的摇撼，据记载在清康熙年间发生了一次7.2级的大地震，使曲阜“人间房屋倾者九，存者一”而奎文阁安然无恙，在中国楼的建筑史上称为“孤例”。
奎文阁的后院东面是龙树和凤树。游客可以摸摸龙树，青春永驻。现凤树已经枯死。
过奎文阁后为孔庙的第六进院落，这里矗立着13座碑亭，南（前）面8座，北（后）面5座，是专为保护存封建帝王御制石碑而建，又称“御碑亭”。共存石碑55幢，是唐、宋、金、元、明、清、民国七代所刻，分别用满文、汉文、蒙古文所书写，碑文多是记录了历代帝王对孔子的追谥加封，亲自祭祀、派官祭祀以及整修庙宇的状况。
后五碑亭左右（东西）各有一门，即东华门和西华门。其中东起第三碑是孔庙中最重的碑，65吨重。“大清皇帝御制阙里至圣先师孔子庙碑”。是康熙皇帝亲自选的石料，碑文有两种说法：一是康熙亲自题刻的；二是大臣刻的。东面三块碑自西往东依次是康熙、雍正和乾隆碑。
以上为孔庙的第一部分，即“ 前导区 ”，在古代是为祭祀做准备工作的场所。
“大成门” ，是孔庙的第七道大门，也是最后一道门，从此门进入孔庙的核心祭祀区了。“大成“一词是孟子对孔子的评价，意思是孔子已达到了集先贤先圣之成的最高境界。大成门与十三碑亭康熙碑亭之间形成了“勾心斗角”中的“勾心”之势。 大成门前后各有龙柱四根，中间两根为深浮雕龙柱，两边的为浅浮雕龙柱。大成门的楹联：左（东）先觉先知为万古伦常立极；右（西）至诚至圣与两间功化同流。
门内一棵高耸的树叫“再生桧”，相传是孔子亲手所栽植，“先师手植桧”相传有三株，后来几经枯荣，于金代贞佑二年（1214）毁于兵火，元至元三十一年（1294），三氏学教授张xv将东庑废墟上新生的一株桧树移到这里，后来又遭大火，仅存树桩。现在看到的再生桧是清雍正十年（1732）复生的新条，它高约十米，粗可合抱，人们把它看做是孔子思想的象征，它不仅和孔氏子孙的命运联系在一起，而且还同封建统治者的命运联系在一起。传说，孔子手植桧不但能死后复生，还能预报世道好坏。宋代大书法家米芾写诗赞道：“蛟龙怪，挺雄质，两千年，敌金石，纠治乱，如一者。”“先师手植桧”为明万历年间杨光训题写。（大成门与大成殿之间的东西两庑是纪念孔子之后的名人和圣人之处）
“杏坛” 是相传孔子讲学的地方。《庄子·渔父》篇中有记载说：“孔子游乎缁帷之林，坐休乎杏坛之上，弟子读书，孔子弦歌鼓琴”，意思是说“孔子带领他的弟子出游到了一片杏林里感到累了，孔*弹子**琴休息，而他的弟子在一旁读书。”宋天禧二年（1018），孔子第45代孙孔道辅监修孔庙的时候，将正殿后移，除地为坛，环植以杏，名曰“杏坛”。到了金代在坛上建了亭子，金代著名文人*党**怀英书写了“杏坛“二字。
“杏坛”亭内有两块碑，南面一块虽没有基座，但是却没有被破坏过，这是因为梅花大篆“杏坛”二字是*党**怀英题写的，姓*党**被*卫兵红**保护；而北面的乾隆碑虽然有基座，却被破坏得厉害，后复修。
"大成殿" ， 金碧辉煌，是 孔庙的主体建筑 ，是祭祀孔子的主要场所，因尊崇孔子集先贤先圣之大成而得名，它始建于宋朝天禧二年，即公元1018年。1500年遭雷火破坏，现在看到的大成殿是清雍正二年（1724）火后重建的，大成殿是经特许按照皇宫的模式设计建造的，重檐九脊，斗拱交错，金壁辉煌，大殿建在4米高的双层基座之上，在两侧低矮厢房的对比之下，显得更加宏伟，它与故宫太和殿、岱庙天贶殿并称为东方三大殿。
大成殿虽然比故宫太和殿低了三层砖，但它确实有超过太和殿了，其中原因就在于大成殿的龙柱。在大成殿周围共有28根龙柱，这些龙柱每根高5.98米，直径0.81米，一共用了六年的时间才完成，前面的10根深浮雕，每柱有两条龙对迎而翔，盘旋开腾，真可谓是活龙活现呀，那么两侧及后面的18根浅浮雕，以云龙为饰，每面浅刻9条团龙，每柱72条，共1296条，栩栩如生，无一雷同。
据说乾隆皇帝来祭祀孔子时当地官员害怕皇帝会因为龙柱超过皇宫的标准而怪罪便将石柱用红绫、黄绸包裹起来，当乾隆皇帝了解了情况之后，认为孔子应该享受比皇帝更高的待遇，便命人将红绫除去，当乾隆皇帝看到龙柱时，也被深深地震撼，这是曲阜独有的石刻艺术，堪称世界瑰宝。大成殿的建筑艺术充分显示了我国古代劳动人民的才华和智慧。
殿内正中供奉的孔子塑像，孔庙里设有孔子塑像，起始于西汉。1728年孔庙毁于雷火，其塑像亦随之受焚，1734年重塑。但1966年又曾被毁，1982年山东省拨专款48万元、黄金48两，组织技术人员重新修复。它坐高3.35米，采用的是我国古代天子的装束，可见孔子的地位之高，在他的两侧为四配，左为复圣颜回、述圣孔汲，右为宗圣曾参、亚圣孟轲，再两侧为十二哲，他们都是古代上公的打扮，殿内还陈列着各种礼器、乐器、舞具，是祭祀用的，大家再请看门外正中是清雍正皇帝题写的“生民未有”的匾额。“生民未有”的意思是自从有人类以来，还没有全面超过孔子的人；殿内正中是“万世师表”是清康熙题写的，他封孔子为“万世皇帝之师，千古人类之表”；“斯文在兹”的匾额是清光绪皇帝题写的，意思是天下的文化都在这里。
清雍正皇帝题写的“生民未有”的匾额
两庑， 大成殿后东西两侧的房屋共有80间，称为两庑，是后世人祭祀儒家学派中著名人物的地方，诸如董仲舒、韩愈等。在中国的唐朝，仅此有20余人，经过历代增添更换，达到156人。所配享的人物，原为画像，至金代改为塑像，明代换为木质牌位，均供奉在一座座神龛中。在两庑北部还陈列着584块“玉虹楼石刻”，是清朝乾隆年间孔子的第69代孙孔继涑搜集历代名家书迹临摹刻制而成的。
“寝殿" 在大成殿的后面， 它与大成殿、奎文阁构成了孔庙中轴线上的三大主体建筑。 寝殿是供奉孔子夫人亓官氏的大殿。寝殿内供奉着亓官氏的牌位，上书“至圣先师夫人牌位”，且罩有木雕游龙飞凤神龛。孔子的夫人亓官氏，19岁嫁于孔子，在孔子66岁时去世。1008年追封为郓国夫人，1332年加封为大成至圣文宣王夫人，1529年改封为至圣先师夫人，历代与孔子同享后人祭祀
"圣迹殿" 是以保存记载孔子一生事迹的石刻连环画 圣迹 图而得名的大殿，位于寝殿之后，独成一院，是孔庙的第九进也是最后一进院落。圣迹殿是陈放圣迹图的地方，圣迹图呢是记载孔子一生事迹的连环画，它记录了孔子一生的主要言论和活动，是我国第一本有完整人物故事的连环画，具有很高的历史和艺术价值。
