巨野县人民医院医学检验科为“菏泽市医学重点学科”，巨野县临床检验质量控制中心挂靠单位，科室始终坚持“以病人为中心，以质量为核心”，已发展成为集医疗、教学、科研为一体的临床诊断为目的的综合性医学实验室。为山东省急诊检验医联体单位；全国细菌耐药监测核心成员单位。2021-2022年度被评为“山东省临床实验室质量管理先进集体”，2021年10月通过京、津、冀、鲁区域检验结果互认。
检验科下设临床血液学、临床体液学、临床生物化学、临床免疫学、临床微生物学、临床分子生物学、急诊检验七个亚专业。现有专业技术人员41人，其中主任技师1名、副主任技师5名，主管技师19人，硕士研究生3名，23人曾在省级及以上医院进修学习。
实验室面积1500平方米，配备TMC ROBO7全自动智能采血管理系统、罗氏诊断cobas8000c702 cobas6000c601全自动生化免疫分析流水线、迈瑞CAL-8000全自动血液分析流水线、迪瑞FUS-3000Plus全自动尿液分析流水线、希森美康CS-5100全自动凝血分析仪、布鲁克Microflex LT/SH全自动微生物质谱检测系统、梅里埃BaoT/ALERT 3D120全自动血培养仪、梅里埃VITEK 2COMPACT 30全自动微生物分析仪、迈瑞BriCyteE6流式细胞仪、普莱默斯Premier Hb9210糖化血红蛋白仪、ABI-7500实时荧光定量PCR仪、意大利ALFAX Rouer20全自动血沉仪、以色列SQA-V全自动精子质量分析仪、沃文特FA280全自动粪便分析系统、仕达思Comet-600阴道内环境、欧蒙EUROLineMasterⅡ过敏原等先进设备。
开展临床检验项目300余项：
1．临床体液学专业组开展尿常规、尿沉渣、尿微量白蛋白、尿红细胞位相、尿免疫球蛋白G等检查项目。
2．临床生物化学专业组开展肝功能、肾功能、血糖三项、血脂、电解质、心肌酶谱、免疫补体五项等检查项目。
3．临床免疫学专业组开展肿瘤标志物十一项、甲功九项、性激素六项、传染筛查八项、抗核抗体谱十五项、高血压四项、贫血三项、肺炎支原体抗体两项等检查项目。
4．临床微生物学专业组开展细菌培养与鉴定、真菌培养与鉴定、常规药敏定量试验(MIC)等检查项目。
5．临床分子生物学专业组开展乙肝病毒核酸定量（高敏）、丙肝病毒核酸定量、呼吸道病原体六项核酸检测等检查项目。
6．临床急诊检验专业组开展项目包括急诊肝功、肾功、电解质、心肌酶、尿妊娠试验、血常规、尿常规、大便常规、血凝七项等检查项目。
科室为保证检验结果的公正性、科学性和准确性，根据CNAS-CL02:2012《医学实验室质量和能力认可准则》建立质量管理体系，参加国家卫健委及省临床检验中心室间质评全部合格，完成室内质控每年不少于288天的上报工作，保证了从标本采集、标本运送、标本检测到检验结果发放的全程质量管理，确保检验结果的准确可靠。同时积极加强信息化与智慧医院建设，为患者提供方便的同时有效保护患者隐私。