在上亿年前的某一天，细胞吞噬了细菌。吃进去不要紧，两个小伙伴同时发现“搭伙过日子”最经济、最有效率。随着亿万年的进化，细菌慢慢就演变成了细胞里的关键物质：线粒体。
细胞生存和复制都需要能量，而线粒体就是能量来源。线粒体好比是一个发电厂，发电厂可以把煤转化为电。线粒体可以把葡萄糖、氨基酸、脂肪这些营养物质转化为细胞可以利用的能量形式：ATP。
这样生命才有了能量，进化才有了能量来源。这样一来，细菌得到了营养，又把营养变成了能量来供应细胞，何乐而不为呢？
自此，人类和体内的细菌是构成了一种相互依存的关系，打破这种关系就会带来很多病，如果可以巧妙地利用这种关系，也可以让很多病得到缓解或治愈。
接下来，我们从三个层面展开，理解细菌与人类疾病。
相爱相杀，互惠互利
和大家的普遍认识不同，人体几乎所有的地方都有细菌，包括血液，甚至大脑。其数量更是不计其数，其中肠道内细菌最多，有上千种，总数大约100万亿。
人给细菌提供了营养和生存环境，但是细菌也不“白吃”，它会从几个方面反哺它赖以生存的人体。首先是免疫屏障，每个部位的细菌都有领地观念，你可以把它当成黑社会，就是“这块地儿我占了”，其他的细菌或者微生物别想来捣乱。这样，间接地保护了咱们不受有害菌的感染。
比如，小白鼠的眼结膜上“驻扎”着一种细菌——乳腺炎棒状杆菌。这种细菌不引起任何症状，但是它可以刺激白细胞在眼泪中释放杀菌物质，这样就可以抵御其他引起结膜炎的有害菌了。
其次，细菌会合成化学物质，帮助人体完成生理功能，这个事你怎么理解呢，在日常生活中，许多琐事是需要大大小小的地头蛇出面协调的，也不能总报警，对吧。比如5-羟色胺是让人产生快乐的物质。但是你一定想不到，人体自身合成的5-羟色胺只占总量的5%，另外95%是由细菌合成的（所以抑郁症的人是不是身边的环境太干净了）。
最后，细菌培养出了强大的人体免疫。比如肠道。为了和细菌这个黑社会作战，人体给肠道配备了最王牌的部队。有七成以上的免疫细胞集中在肠道，包括巨噬细胞、T细胞、NK细胞、B细胞；还有七成以上的免疫球蛋白A（IgA）是由肠道制造的（可以说肠道是人的免疫系统和细菌作战的最大战场）。
细菌和人体的免疫系统在不停地斗斗斗，打打杀杀，这个过程就像不停地给咱们“打疫苗”，锻炼咱们的免疫力。没有对抗就没有和平，这是生物界的规律。
菌不配位，贻害无穷
很多药物包括化疗药物、抗生素，很多食物包括糖，都会干扰细菌和人体的这种和谐关系。
首先，细菌移位会带来病。也就是说，细菌跑到不该去的地方了。细菌如果在它应该待的地方，就是正常菌，或者不会引起严重的问题；如果细菌跑到其他地方，就会变成有害菌，因为A地的黑社会跑去了B地，一来水土不服，二来需要大肆敛财。
比如，老年痴呆症病人的研究表明，在这些病人的大脑里，发现了牙周炎的细菌和一些引起口腔溃疡的白色念珠菌。这些菌在口腔里不会引起大问题，但是如果移位进入大脑，那就有可能带来老年痴呆症。
其次，刚才提到，正常情况下细菌会形成免疫屏障，免疫屏障的最大作用就是阻止其他的微生物来捣乱。免疫屏障相当于“地头蛇”，但是有时候咱们用抗生素把地头蛇都杀死了，那外来“土匪”就该捣乱了，外来的土匪可不那么念及乡情了，基本上对老百姓都是杀光，烧光，抢光。比如，很多女生用含有杀菌剂的洗液冲洗阴道，那么接下来反而会引起真菌感染，引起真菌性阴道炎。
最后，细菌与人体的和谐状态被扰乱，会导致细菌合成化学物质异常，也会带来病。比如肥胖，研究发现胖人体内“胖菌”多，这些胖菌会分解食物产生乙酸这种物质，乙酸就会让人产生饥饿的感觉，让咱们不停地吃吃吃。
再比如，大脑细胞完成信号传递功能，涉及到主要20多种化学物质，这些化学物质中很多都是由肠道细菌参与合成的；如果肠道菌群紊乱，就会引起精神问题，比如焦虑、抑郁、自闭症等等。
化敌为友，巧用细菌
那既然细菌与人体和谐这么重要，如何修复和维持这种和谐呢？第一个建议：少用抗生素，抗生素是一把双刃剑。健康人不要动不动就用含杀菌剂的任何洗液或者漱口水。细菌没惹你没捣乱，你也别去主动攻击细菌，它和你不是敌人。
第二个建议：别太干净。有个著名的卫生假说认为，孩子的成长过程别太干净，要让孩子多和大自然接触，多和宠物接触。孩子从小多和微生物接触，就可以培养出多样性和稳定性更好的肠道菌群。长大以后免疫力反而更健全，更不容易过敏。还有，产妇能顺产就不要剖腹产，现在研究认为，经过女性产道的婴儿可以迅速建立起第一道多样性更好的肠道菌群。
第三个建议：多吃膳食纤维丰富的食物。比如苹果、梨、魔芋、黑麦、黄豆、青豆、枸杞、石榴、椰子、冬菇。你可能认为芹菜是含膳食纤维很高的食物？其实它的膳食纤维含量并不高，充其量在蔬菜里算中等而已。不仅要多吃膳食纤维，还要少吃糖（你知道糖可以让人变胖，但原因是什么呢？研究发现，糖阻止了拟杆菌的繁殖，拟杆菌就是让你变瘦的“瘦菌”）。
细菌是黑社会，免疫力是警察
上面说清了细菌和人体和谐共处的重要性，但保护人体光靠“地头蛇”和“黑社会”总是不够的，还得需要警察——免疫力，那在什么情况下会出现疾病了，概况起来分三种：第一，警察认不出坏人；第二，警察把好人当坏人；第三，警察打不过坏人。
先说第一个层面：认不出“坏人”。要想杀“坏人”，第一步就得先认出来哪个是“坏人”。但是未必那么容易，“坏人”也不傻。比如流感病毒。这种病毒为了逃避人体免疫，会不断地变换病毒表面的H蛋白。H蛋白就是一种辨别物质，H蛋白变了，人体免疫也就认不出来了。
再比如水痘-带状疱疹病毒，它可以藏在神经节里。很多病毒可以藏在细胞里，让免疫细胞找不到。又或者癌细胞。癌细胞有个机制能逃过人体免疫，就是伪造一张“身份证”，骗过“警察”的检查。
但有时候免疫系统“走火”了，乱了，也会出麻烦，而且更难治。这就是免疫和疾病关系的第二个层面：把“好人”当“坏人”。
正常情况下，人体有一套严格的识别机制，防止免疫细胞误伤自己人。但是，有时候这种识别机制紊乱了，把“好人”当成“坏人”了，就会带来很多病，而且是疑难病，比如自身免疫病。
人类自身免疫病有100多种，但是机理都相似，都是人体免疫不断地攻击自身的细胞。就拿红斑狼疮这个病来说，眼睛、皮肤、造血系统、肺部、肾脏，几乎人体的每一个器官，每时每刻都在遭受着自身免疫的攻击。这才是大水冲了龙王庙——一家人不认一家人。
把“好人”当“坏人”除了会引起自身免疫病，还会带来过敏。过敏就是免疫系统把本来无害的物质辨别为“敌人”，产生过度的反应。
过敏性鼻炎、*麻疹荨**、湿疹、哮喘这些病都是过敏。所以，过敏不是因为免疫力低了或者免疫亢进，而是辨别异常，把无关紧要的物质小题大做。这就是免疫和疾病关系的第二个层面：把“好人”当成“坏人”，会引起自身免疫病和过敏。
免疫和疾病关系的第三个层面：即使能够认出“坏人”来，但是有心无力打不过“坏人”，这就是免疫功能低下。比如艾滋病、白血病、糖尿病、尿毒症。这些病有的是免疫细胞的数目减少，有的是功能降低。
癌症之所以非常麻烦，是因为癌细胞用各种手段对抗警察，有时候它伪装成“好人”，但是有时候，即使被认出来了，癌细胞也会释放一些物质麻痹免疫细胞，让免疫细胞的*伤杀**能力大大降低。
善待自己的警察部队
既然免疫系统这个警察部队这么重要，我们首先要做到的就是善待它们，尽可能减少“非战斗性减员”，比如少熬夜、禁烟酒、释放精神压力、杜绝偏食等。那在另一方面，还要认真的训练这只警察部队:
第一，认真打疫苗。打疫苗就是刺激人体，产生针对特定病原体的免疫力，而且一旦产生会记忆很久。打疫苗是目前咱们能够获得的最好、最靠谱的完善人体免疫的方法。
第二，和体内的细菌“搞好关系”，上面介绍了一大堆细菌这个”黑社会“的重要性，养上一身的好细菌比啥都重要。这些细菌可不是“吃素”的，它们的存在同样是人体免疫重要的组成部分，会为警察省去很多力气。
第三，疾病也有价值，感染的价值在于让人锻炼出日渐强大的人体免疫。从整个物种进化的角度看，有些免疫可以传承。从个体角度看，生长的过程也是一个免疫逐步强大的过程。每一次不严重的感染，病原微生物都可以激发和锻炼人体免疫。只有让人体免疫见多识广，见过无数敌人，锻炼出各种本事，才是真的增强免疫。