已明确已经历RIF的女性由于细菌植入有子宫内膜炎（have CE from bacterial colonization），但通常没有或者只很轻的（with minimal or no ）临床感染征象（clinical signs of infection）。
有作者发现在不孕女性标本中，45%有CE，尤其合并RIF的女性。
CE是一种子宫病理状态，一般由组织学检查、宫腔镜检查所见及细菌培养诊断。
免疫组织化学染色检查多配体蛋白多糖-1（syndecan-1，CD138，一种浆细胞标志物）可以用来提供更准确的诊断，当然，对浆细胞的数目标准仍然没有确定。
有作者在RIF病人中使用组织学评估证实CE发生率是14%。
宫腔镜发现CE的敏感度是40%，表现为黏膜水肿、内膜充血及存在微息肉（micropolyps）（这些都是CE诊断标准的一部分）。
还有作者发现，66%女性通过宫腔镜诊断CE、57.5%通过组织学诊断、45%是培养阳性。
虽然培养是最不可信的（阳性太少）发现CE的方法，但是，它确实提供了具体病原可以进行对因治疗（targeted therapy）。
发现的多数病原是普通细菌，如B族溶血性链球菌、大肠杆菌、粪肠球菌或者支原体。在一些病例，性传播感染例如衣原体该为CE负责。
2016年6月发表的一篇研究中，CE诊断的分子学方法已经显示很有前景（has shown promising results）。实时PCR（RT-PCR）能够确认细菌DNA，与其他方法（宫腔镜、组织学及培养）有76.92%的一致性（agreement）。当结果一致时与其他方法比较（compared with the concordant results of the other 3 tests），RT-PCR显示75%的敏感性和100%特异性。这种方法可以发现植入内膜的可培养出来或者不可培养出来的细菌，此时内膜可以没有感染的组织学征象。这种分子学检测对CE诊断的效率来说，又快且更可靠，很有前景（this molecule test shows promise as a faster and more reliable tool for a streamlined diagnosis of CE）。
存在于内膜的细菌导致异常的淋巴细胞数量（abnormal lymphocyte counts），继而是异常的环境，干扰正常的内膜容受性。
有研究显示，感染治愈后的植入率是37%而未治疗的是17%，虽然统计学没有达到显著差异，但是，感染治愈后IVF周期的活产率是61%，显著高于未治愈病人的13%（13% in those that could not be cured with antibiotics）。
在一些病例，并不必然是CE导致植入率下降，而是存在于内膜中的细菌群的组成部分（constituents of bacterial flora present in the endometrium）。虽然认为内膜是无菌环境，但已接受除阴道外内膜中也有乳杆菌（lactobacillus ）存在这一事实。最近一项研究显示，内膜中乳杆菌占优势女性进行IVF，取得60.7%的成功植入及58.8%的活产，而非乳杆菌（加德纳菌、链球菌及其他有机物）占优势的患者，其植入及活产率只有23.1%与6.75%。