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杭州站位于上城区环城东路，始建于1906年11月14日（当时称清泰站），因站址在杭州城清泰门内，故本地媒体和民众一般称其为“城站”；最新的杭州站于1997年在拆除40年代日据时期旧站的基础上重建而成，1999年12月28日启用，为上海铁路局辖下的铁路一等站。杭州站为5台9线，多座站台可停靠动车组。始发列车开往全国各个方向，以周边的上海、宁波、温州居多。杭州地铁1号线在此设有”城站“站，未来杭州地铁5号线也将过此站。
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杭州东站位于江干区天城路，建于1992年；最新的杭州东站于2013年7月1日启用，为上海铁路局下辖特等站。车站体量与上海虹桥站相当，为15台30线，是中国乃至亚洲最大的枢纽站点之一。2015年发送旅客392.4万人次，到达515.3万人次；杭州地铁1号线和杭州地铁4号线在此设有”火车东站“站。
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杭州南站原名萧山站，位于萧山区新塘街道，距离杭州站27公里，现为特等站，是沪昆线和萧甬线两线枢纽。杭州南站规划旅客总量每天4.5万人次，高峰时旅客量每小时1.2万人。杭州南站在2013年7月进入闭关改造阶段，预计2017年10月正式启用，届时杭州地铁5号线将在此设站 ，未来杭州地铁11号线也将在该站设站。
除了以上三座火车站以外，客运站还有余杭站，货运站还有乔司站，南星桥站，杭州北站，艮山门站（2016年8月已退出货运历史）。
| 站名 | 地点 | 等级 |
| 杭州东站 | 江干区 | 特等站 |
| 杭州站 | 上城区 | 一等站 |
| 余杭站 | 余杭区 | 二等站 |
| 杭州南站 | 萧山区 | 特等站 |
| 乔司站 | 余杭区 | 一等站（货运） |
| 南星桥站 | 上城区 | 一等站（货运） |
| 杭州北站 | 拱墅区 | 三等站（货运） |
| 艮山门站 | 下城区 | 一等站（货运） |
目前在建的还有杭州火车西站，杭黄高铁富阳站。届时，杭州的交通会更加四通八达。