明日香赤裸着全身躺在一个破败房子的浴缸里，打算用割腕来结束自己的生命。由于明日香和2号机现在的同步率是0，已经不再是第二适合者了，再加上他知道加持已经死去的消息，明日香已经是心灰意冷，对世界不再有任何留恋，就想找一个没人知道的地方结束自己的生命。
就在此时，幸亏情报部门的人及时赶到，没有让明日香自杀成功。CO组织将第五适合者送到总部来取代明日香成为2号机驾驶员，此举动让总部的梅里感觉很是蹊跷。而真嗣这边还在因为得知凌波莉的真相而感到郁闷，他一直想不通为什么会在凌波莉的身上感觉到自己母亲的感觉。正因如此，更他真嗣加深了对丁元堂的痛恨。
由于律子将傀儡系统破坏的原因，律子博士被关进了小黑屋，丁元堂对律子只是冷漠的表示很失望，随后便是毫无情感地离开了，只留下绿子一个人在黑暗中孤独的哭泣着。现在的第三星东京市已经到处都成为废墟，这是多次与使徒战斗之后所遗留下来的。
真嗣在战夕阳照射下的湖边遇到少年，一个银灰色的头发，红色的瞳孔，正独自在这夕阳的映射下嘴里哼着曲子。此人正是组织派下来的第五适合者，主勋真嗣与主勋两人在夕阳映射的废墟里对视着，从此刻起两人开始了相互的羁绊。
在总部进行同步测试时，主勋就让众人看到他不凡的能力，竟然能够在2号机的核心不用更换的情况之下还能达到超高的同步率。在测试人员看到同步数据后，简直无法相信。林波莉在基地里碰见主勋，两人有着相同的红色瞳孔，主勋瞬间感觉到在林波莉身上的不同之处。
而真嗣这边在训练结束后并不着急回家，他在休息室一直等着主勋，真嗣可能是在主勋身上感觉到和自己有一样的敏感和孤独。真嗣在与主勋相处的过程中不知不觉已经成为了十分要好的朋友，两人洗澡在一起，睡觉在一起，谈心在一起。真嗣这样单纯的玻璃心，渐渐地把主勋吸引。内夫本是维斯的下属部门，可现在就仿佛是丁元堂的个人产业。丁元堂野心显露，想偷偷地得到和神一样的力量，组织已经对他已经无法容忍，决定将最后一个使徒派去对总部进行入侵。
