真如寺建于唐至德二年（757）。
相传唐大中十年（856），丞相裴休舍宅为寺，改名至德院。
至宋大中祥符元年（1008）改名真如教院。真如教院在宋时名声极盛，司马光曾为之作记、苏轼亦曾在此扫雪煮茶。寺中有寺塔，名仁王护国般若塔，由僧人自南化缘积善款兴建，宝塔覆五色琉璃瓦。
宋宣和三年（1121），方腊遣将方七佛率起义军六万来攻秀州，前秀州统军王子武率军出城会合宋军童贯部前锋王禀与起义军激战于城外，塔、寺俱焚毁于兵火。
宣和五年（1123），寺僧整葺寺院，掘其地窖，得银塔一座。凡七层，高五尺，重千两，相轮栏楯，无不周备，刻画佛像极为精巧。
淳熙十年（1183）正月三日夜，僧智炬梦一僧紫衣暖帽，宛若大圣。指着塔基说：“此地久废，可为兴复。”智炬于是有心募化，于淳熙十年（1183）仲冬动工，至庆元三年（1197）孟冬落成，前后历15年。
建成后的寺塔云壁八面，绚烂凌空；露盘七层，巍峨出地。其规制皆仿地窖银塔，这就是真如塔的来历。
元末，真如寺毁于战火，唯宝塔独存。明洪武二十四年（1391），重建真如寺，定为“真如教寺”。
清顺治二年（1645）闰六月，清兵抵嘉兴。据《清朝野史大观》载，“郡兵恐大兵登真如浮屠，窥城中虚实，纵火烧之”，塔遂毁。顺治十六年（1659），僧明句募缘重建宝塔，此即后世嘉兴人记忆深处的真如塔。
20后的康熙十八年（1679），翰林院检讨朱彝尊在《真如塔重建》诗中详细记述了真如塔的沿革，并盛赞其营造之工巧、凌空之气势不凡：“旧涌仁王塔，今开帝释宫。蜂台重揽胜，龙藏古称雄。历历时堪纪，高高望未穷……”
康熙二十三年（1684）初冬，翰林院编修方象瑛来游，撰《游鸳鸯湖记》：“……饭毕，觅小舟得渡，抵真如寺，即唐司空裴休舍宅，后为真如塔……丹碧辉映，铃铎乘风铿铿然。予拾级登其半，泠然空中，头岑体颤。俯视禾城，烟火万家。远树极浦，仿佛可辨。”
“蟹舍渔村两岸平，菱花十里棹歌声。依家放鹤洲前水，夜半真如塔火明。”朱彝尊在《鸳鸯湖棹歌》中描绘的太平盛世持续了不到两百年，当真如塔的砖墙逐渐斑驳、塔刹不再锃亮的时候，这个城市也在走向多舛的命运。
咸丰十年（1860），太平军攻占嘉兴，真如寺毁于兵火。真如塔虽得幸存，也伤痕累累。其后真如寺逐步恢复，到光绪二十五年（1899）重修宝塔，这也是真如塔历经千年沧桑的最后一次辉煌亮相。
到了20世纪50年代末，真如塔已经破败不堪，为了防止伤人，真如塔的塔刹被拆除，20世纪70年代初，真如塔整体被拆除。现真如塔塔刹被保留在嘉兴市博物馆。
真如塔原址在今松鹤里，据当年登上过塔顶的老人回忆：“天气好的话，远远望去，能看见海宁的西山。”（修志日志21）
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