肾穿刺可能引起如下并发症：
(1)血尿
大多数患者肾穿刺后有镜下血尿。而不是明显的肉眼血尿。
一般2～3天即自行消失，不需要处理。
肾穿刺后肉眼血尿发生率3%～5%，一般都不会引起脉搏、血压及血红蛋白变化，尿色会在1～3天内转清，这种情况不需要输血，只需要延长患者卧床时间，给止血药，至肉眼血尿消失。
极个别病例血尿颜色很深，并不断有大血块随尿液排出，这种情况很容易引起血压及血红蛋白下降，须及时输血，积极止血，并密切监测脉博、血压及血红蛋白变化，直至出血停止。
(2)肾周血肿
呈现临床症状的肾周血肿发生率仅1%～2%，多数为小血肿，症状很轻，仅穿刺侧腰和(或)腹部出现疼痛，疼痛数日内消失，血肿也随后自行吸收。这种小血肿不会引起脉搏、血压及血红蛋白变化，无须特殊处理，只需要延长患者卧床时间，给止血药，至疼痛消失。
极个别病例会出现腹膜后大血肿，患者很快出现穿刺侧腰和(或)腹部剧烈疼痛，伴心慌、出汗、恶心及呕吐，并导致脉搏增快、血红蛋白降低，不过只要及时补液和输血，很少会血压下降。这种患者除补液、输血、延长卧床时间和积极止血外，还应给予抗生素预防血肿感染。经上述处理后，腰痛、腹痛能于数日内减轻，大血肿也会逐渐完全吸收。
(3)其他
极个别慢性肾衰竭及高血压病患者，肾穿刺后可能发生动静脉瘘，需要做肾动脉造影才能证实。以前还有感染、误穿其他脏器等并发症报道，现已能完全避免。
总之，肾穿刺虽然是一种有创性检查，但是如果掌握好适应证，认真做好术前准备，并由有经验的肾病专科医生进行操作，是相当安全的，并发症发生率并不高，可避免严重并发症发生。
肾穿刺会不会遗留长期后遗症?
这是患者及家属经常关心的又一问题。目前开展肾穿刺的医院已日渐増多，但是至今无一例出现长期后遗症，所以，患者及家属对此可以不必顾虑。