人体各部位的正常菌群均各有特点，肠道内微生物生长最多的地方是盲肠。在人的肠道内，厌氧菌占总数的95%以上，厌氧菌大约较需氧菌或兼性厌氧菌多1000倍。粪便有肠道大生态系中最大的微生物群落。粪便重量的40%是微生物，而且90%以上是活的。
体内大量的寄生菌在粘膜表面形成了一个比较密的细胞层，有人称它为“生物涂层”。在这些部位，局部微环境中的各种供细菌生长的营养物质相对缺乏，这些长期在“营养不足”的环境中生存的细菌，夺取营养物的能力就特别强。因此，从外部侵入的细菌就难以生存。有些细菌适应在低pH值的环境中生存，而且不断分泌酸性物质维持一个酸性微环境，从而使其他细菌（包括绝大部分的致病菌）无法生存。因此，对于有益的正常菌群应该加以保护。
人体各部位的主要常见菌群
| 部位 | 常 见 菌 种 |
| 皮肤 | 表皮葡萄球菌、类白喉杆菌、绿脓杆菌、耻垢杆菌等 |
| 口腔 | 链球菌（甲型或乙型）、乳酸杆菌、螺旋体、梭形杆菌、白色念球菌（真菌）、表皮葡萄球菌、肺炎球菌、奈瑟氏球菌、类白喉杆菌等 |
| 胃 | 幽门螺旋杆菌，正常一般无菌 |
| 肠道 | 类杆菌、双歧杆菌、大肠杆菌、厌氧性链球菌、粪链球菌、葡萄球菌、白色念球菌、乳酸杆菌、变形杆菌、破伤风杆菌、产气荚膜杆菌等 |
| 鼻咽腔 | 甲型链球菌、奈氏球菌、肺炎球菌、流感杆菌、乙型链球菌、葡萄球菌、绿脓杆菌、大肠杆菌、变形杆菌等 |
| 眼结膜 | 表皮葡萄球菌、结膜干燥杆菌、类白喉杆菌等 |
| 阴道 | 乳酸杆菌、白色念球菌、类白喉杆菌、大肠杆菌等 |
| 尿道 |
1 ）皮肤
皮肤不同部位的细菌类型和数量各不相同，皮肤表浅层的死细胞内寄居着低毒力的表皮葡萄球菌，也含有高毒力的金黄色葡萄球菌，还可见少量化脓性链球菌和某些革兰氏阴性杆菌。革兰氏阳性杆菌如类白喉杆菌毒力较低，在皮肤广泛分布，*疮痤**丙酸杆菌寄居于皮脂腺，多种灭菌方法都不能将其灭活。pH降低、皮脂腺分泌物中的脂肪酸、溶菌酶均有助于清除皮肤非常住菌群；多汗或清洗均不能明显改变正常常住菌群。
2 ）呼吸道
鼻腔含有大量细菌如表皮葡萄球菌、金黄色葡萄球菌和类白喉杆菌。非致病性革兰氏阴性菌卡他布兰汉氏菌和机会性致病菌流感嗜血杆菌间歇性地存在。大量类白喉杆菌和卡他布兰汉氏菌也寄居于咽部，咽部还可见致病菌如化脓性链球菌、绿色链球菌、肺炎链球菌和脑膜炎球菌、流感嗜血杆菌。气管、支气管、细支气管和肺泡在健康人是无菌的。
3 ）口腔
口腔含有大量各种细菌，其细菌种类与有无缺齿和龋齿相关，有些低毒力菌若被引入组织深部可引起严重感染。有些菌引起龋齿，而多数菌是无毒力的。收集喉和下呼吸道标本时应尽量减少口腔分泌物的污染，否则口腔大量细菌会干扰病原菌的检出。
4 ）胃
胃酸抑制了各种微生物的生长，使微生物的数量大大减少，但某些微生物能活着通过胃（幽门螺旋杆菌）。
5 ）肠道
小肠上端微生物较少，下端急剧增多，大肠是多种微生物的存在理想环境，大肠下部约有100多种正常菌群，其细菌浓度可达1011/g大便，即大便干重的1/3是细菌。肠道菌群在出生不久就建立，健康状态下人与微生物处于平衡状态。
6 ）泌尿生殖道
某些细菌存在于尿道下部。膀胱、输尿管、肾脏是无菌的。
7 ）女性生殖道菌群
本文为中国人民解放军第二军医大学临床专家、中国人民解放军南部战区卫生部在职医师原创，首发于头条号《耀学堂》，分享女性健康知识，倡导女性科学私护，解析女性妇科病症！未经授权，严禁转载。
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